内蒙古农业大学研究生院是学校负责博士、硕士研究生教育管理与服务的职能部门。学校研究生教育始于1963年，是国家恢复研究生招生后，首批具有硕士学位授予权的高校。1979年开始招收硕士研究生，1993年获得博士学位授予权，1995年开始招收博士研究生。现有在校研究生6000余人。

学校现有国家重点学科1个、国家重点培育学科3个、省部级重点（培育）学科26个，入选自治区第二轮一流建设学科9个。现有博士后科研流动站13个，一级学科博士学位授权点15个，一级学科硕士学位授权点25个，博士专业学位授权点2个，硕士专业学位授权点17个。

研究生院下设学科与评估办公室、招生办公室、培养与学位中心3个科室，统筹管理全校学科及研究生教育工作，现有领导及工作人员14名。